View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9208_low_2 (Length: 809)

Name: NF9208_low_2
Description: NF9208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9208_low_2
NF9208_low_2
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (19-809)||(2748779-2749569)
chr3 (19-792)||(2838164-2838943)
chr3 (19-792)||(2855374-2856150)
chr3 (19-808)||(5412689-5413460)
chr3 (19-807)||(2807053-2807841)
chr3 (19-807)||(2768852-2769643)
chr3 (19-807)||(2758997-2759788)
chr3 (19-808)||(2797143-2797935)
chr3 (43-785)||(2818362-2819107)
chr3 (19-422)||(2790491-2790894)
chr3 (469-808)||(2790149-2790491)
chr3 (64-263)||(3201274-3201473)
chr3 (448-509)||(21945673-21945734)
chr3 (392-506)||(22615559-22615673)
chr3 (467-524)||(22648533-22648590)
chr3 (448-524)||(21930455-21930531)
chr3 (448-524)||(22028034-22028110)
chr3 (448-524)||(22034551-22034627)
chr3 (448-524)||(22179451-22179527)
chr3 (448-506)||(22104775-22104833)
chr3 (448-506)||(22187040-22187098)
chr3 (448-505)||(22052786-22052843)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (19-808)||(5716-6508)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (448-506)||(27294600-27294658)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 627; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 2749569 - 2748779
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    |||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749569 ggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 2749470  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |     
T  2749469 aggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgc 2749370  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||     
T  2749369 aaaatcttcttgccatacgtcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgt 2749270  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||||||||  |||||| ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2749269 aacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaag 2749170  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749169 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 2749070  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749069 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 2748970  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcct 718  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748969 ggatcatgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcct 2748870  T
Q  719 tgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttgcc 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2748869 tgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgcc 2748779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 792
Target Start/End: Original strand, 2838164 - 2838943
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2838164 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttatgaatatgagttagaa 2838263  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838264 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 2838363  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838364 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 2838463  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838464 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 2838563  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    ||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||    
T  2838564 cataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgt 2838663  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  2838664 gcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcga 2838763  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttctctctctcc------tatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttc 712  Q
    || ||  ||||| |||||||||||  ||||||        || |  |||||||||| | |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2838764 gggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttc 2838863  T
Q  713 tttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatt 792  Q
    ||| |||||||||  || |||  |  || ||||| ||||| || ||||| || |  ||||||||||||||||| ||||||    
T  2838864 ttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 2838943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 792
Target Start/End: Original strand, 2855374 - 2856150
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2855374 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttatgaatatgagttagaa 2855473  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2855474 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaacctggtcgga 2855573  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2855574 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaataccaaatacctcttatgttgcaggtattgccttacttgtataatcagtgactggtcatccattttgtgc 2855673  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2855674 aacatcagtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaag 2855773  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||| || |||||  |    
T  2855774 cacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcacttt 2855873  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    |||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  2855874 gcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcga 2855973  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 715  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||   | ||   |||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2855974 ggatcacgccatcttccattttctgtctctccactgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttcttt 2856073  T
Q  716 ccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatt 792  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || | |||| ||||||||||||| ||||||    
T  2856074 ccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgatt 2856150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 5413460 - 5412689
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||    
T  5413460 ggacaattcccaccaagttcaaatccaaacaccttcttgcagtaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaacatatactagaa 5413361  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||    
T  5413360 aggattttttgaaaaaatccgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctactacctttattgtttttaggcatcgcaaattcaacctggtcaga 5413261  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
     ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||     
T  5413260 gaaatcttgttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataatcagtgaccggtcatccattttgtgt 5413161  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5413160 aacatctgcggaagagagtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaag 5413061  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||    
T  5413060 cacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgt 5412961  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
     || || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || || ||||||||||||    
T  5412960 acgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcga 5412861  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcct 718  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||   ||||  |||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5412860 ggatctcgccatcttccattttctgtctctctactgctgttgctgct------------------tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcct 5412779  T
Q  719 tgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttgc 808  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    |||||||||||||    
T  5412778 tgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgcaatcttgc 5412689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 2807841 - 2807053
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    ||||| |||||| || | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  2807841 ggacagtgcccatcaagatcgaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaa 2807742  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||    
T  2807741 aggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaattcaacctggtcaga 2807642  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||  |||| |     
T  2807641 aaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgt 2807542  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||| | | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  2807541 aacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaag 2807442  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2807441 cacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgt 2807342  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2807341 gcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcga 2807242  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcct 718  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||  ||| |||||| | |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2807241 ggatcacgccatcttccattttctgtctctctagtgctgttgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttcct 2807142  T
Q  719 tgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttg 807  Q
    ||||||| ||||  || |  ||||||||  | || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||||||||    
T  2807141 tgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttg 2807053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 2769643 - 2768852
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    ||||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||| ||||  |||||    
T  2769643 ggacattgcccatcaagttcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgttaggaggcaaaagttgcatgttaagaacatgaactagaa 2769544  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  2769543 aggatttcttgaaaaaatctgcaacatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggaaaattcaacctggtcgga 2769444  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || |||   | |||||||  ||||||| |||||||     
T  2769443 aaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgtaggtatttccttacctctattaccagtgacatgtcatccattttgtgt 2769344  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||||||| | | ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2769343 aacatctttagcagaggttcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaag 2769244  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||    
T  2769243 cacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgt 2769144  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||  |||    
T  2769143 gcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccga 2769044  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttct--ctctctccta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 715  Q
    |||||||||||| ||||| |||||  |||||  ||| || |  ||||| |||| | |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  2769043 ggatcacgccatcttccactttctgactctccactactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttcttt 2768944  T
Q  716 ccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttg 807  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  |||| || | |||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  2768943 ccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatcttg 2768852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 2759788 - 2758997
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    |||||| |||| ||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  2759788 ggacaacgccctccaagatcatatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaa 2759689  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2759688 atgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcataattctagtggtgattatgatcctactacctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcgga 2759589  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||| || |||  ||||||||||  ||||||| |||||||     
T  2759588 aaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctgtaatcagtgacctgtcatccattttgtgt 2759489  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  || |||||    
T  2759488 aacttctttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaag 2759389  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    |  |||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||||| ||    
T  2759388 cttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgt 2759289  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    ||| ||||||  ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  2759288 gcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcga 2759189  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttctctctctcc--ta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 715  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |  || || |  ||||| |||| | |||| |||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  2759188 ggatcacgccatcttccattttctttctcttcggtagtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttcttt 2759089  T
Q  716 ccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttg 807  Q
    ||||||||||  ||||||  |  || ||||| ||||| || ||||| || |  ||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||||    
T  2759088 ccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttg 2758997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 2797935 - 2797143
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    |||||||||||||||   |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||  | |||    
T  2797935 ggacaatgcccaccaacctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgatttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaacttgaa 2797836  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  2797835 aggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctcgtggtgatgatgatcctatttgctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcaga 2797736  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||| |||||||     
T  2797735 aaagtcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatactttttatgttgcaggtattgcctcacttgtataatcaatgacttgtcatccattttgtgt 2797636  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||||||||   |||||||  ||||||| | | |||||||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  2797635 aacatctgcaaaagagggctttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtgatgcaag 2797536  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||    
T  2797535 cacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgt 2797436  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    ||||||||||   || || | |||||||||||||| ||||||  | || ||||||| ||| |||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2797435 gcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcga 2797336  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttc--tctctctcct-atgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 715  Q
    ||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  |||||||||| | |||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797335 ggatcacaccatcttctattatccgtctctctactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 2797236  T
Q  716 ccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttgc 808  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| || ||| ||| |||||| || |||||| | |||||||||||||    
T  2797235 ccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgc 2797143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 2819107 - 2818362
Alignment:
Q  43 ctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaa 142  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  2819107 ctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaa 2819008  T
Q  143 catgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatc 242  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2819007 cttgcatcattcttgtggtgattatgatcctactacctttgttgttattgggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatc 2818908  T
Q  243 aaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttca 342  Q
    ||||||||| || |||||||||||||  ||||||| ||| || |||  ||||||| ||  ||||||| ||||| | || |||| | ||  ||||||||||    
T  2818907 aaagaatattaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctataatcagtaacctgtcatccattttgcgtaaaatctctagatcagggtcttca 2818808  T
Q  343 gttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgata 442  Q
    | | || || |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||| |||| || ||    
T  2818807 gcttcctgataaaattgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgtta 2818708  T
Q  443 cctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataa 542  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||    
T  2818707 ccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataa 2818608  T
Q  543 ccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttct 642  Q
    ||||||| | ||||||||| | || ||||||| ||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | |||    
T  2818607 ccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtct 2818508  T
Q  643 ctctctcctatgctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatt 739  Q
      ||||||    |   ||||   ||  || | |||| |||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |    
T  2818507 gactctccacatccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaact 2818408  T
Q  740 taatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagt 785  Q
    | ||||||||||| || ||||| || | || ||||||| |||||||    
T  2818407 tgatgtcctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagt 2818362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 2790894 - 2790491
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  2790894 ggacaatgcccaccaagctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaa 2790795  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  2790794 aagatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctacaacctttattgttatttggaatggcaaattcaatctggtcgga 2790695  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | |||||||  |||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||| |||||||     
T  2790694 aaaatcttcttgccatacatcatcgaagaatatcaaatactttttatgtttcaggtattgcctcacttgtagaatgagtgacttgtcatccattttgtgt 2790595  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||||||||   ||||||| |||||||| | | |||||||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  2790594 aacatctgcaaaagagggccttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaag 2790495  T
Q  419 cacg 422  Q
    ||||    
T  2790494 cacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 469 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790149
Alignment:
Q  469 gcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggac 568  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||||  | || |    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  569 cttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttc--tctctctccta-tgctaatgctgct 665  Q
    |||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  |||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctctactgctgttgctgctgct 2790292  T
Q  666 tgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctata 765  Q
    ||| | |||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  | ||| |||||||||||     
T  2790291 tgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctatc 2790192  T
Q  766 tgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttgc 808  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  2790191 tgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgc 2790149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 64 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 3201473 - 3201274
Alignment:
Q  64 agttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtga 163  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| | || |    
T  3201473 agttcccacgctttgtttggaggcaaaggttgtaggtggtgaatatgaacaagaaaagatttcttaaaatattcagctacatgcatcattctactggtca 3201374  T
Q  164 ttatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctctt 263  Q
      ||||| ||||| ||||| |  ||| ||   | ||||  ||||||||  || ||||||  ||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  3201373 caatgattctacttcctttgtcattactaattaaggcatcttcaatctcatcagaaaaactttctttccaaacatcatcaaacaaaagcaagtacctctt 3201274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 448 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 21945734 - 21945673
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacgga 509  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21945734 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcctaccacgga 21945673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 392 - 506
Target Start/End: Original strand, 22615559 - 22615673
Alignment:
Q  392 tgtatgattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcc 491  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||| |  | ||||  ||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||  | ||    
T  22615559 tgtatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtccacaaacctccttgctatcaaaaacattcttggcaagagtggttttaccctgccc 22615658  T
Q  492 tcccattcctaccac 506  Q
    ||||||||| |||||    
T  22615659 tcccattcccaccac 22615673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 467 - 524
Target Start/End: Original strand, 22648533 - 22648590
Alignment:
Q  467 tggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 524  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || || ||||||||    
T  22648533 tggcaagagtggtttttcctagccctcccatacctaccacagagatgacagtgcgctc 22648590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 448 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 21930531 - 21930455
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 524  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  21930531 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 21930455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 448 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 22028110 - 22028034
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 524  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22028110 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22028034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 448 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 22034627 - 22034551
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 524  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22034627 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22034551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 448 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 22179527 - 22179451
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 524  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  22179527 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcccaccacgaataccacagtgcgctc 22179451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 448 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22104833 - 22104775
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 506  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22104833 ttgctgtcaaaaactctcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22104775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 448 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22187098 - 22187040
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 506  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22187098 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22187040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 22052843 - 22052786
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctacca 505  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22052843 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctacca 22052786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 808
Target Start/End: Original strand, 5716 - 6508
Alignment:
Q  19 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||  || ||    
T  5716 ggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatacttttttgcagaagagttcccatactttgtttggaggcaagagttgcagtttgtgaacatgaactataa 5815  T
Q  119 aggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcgga 218  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  5816 aggatttcttgaaaaattcggcaacaagcatcattcttgtggtgattataatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaacctggtcaga 5915  T
Q  219 aaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgc 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||||||| |||||||     
T  5916 aaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattaatgacttgtcatccattttgtgt 6015  T
Q  319 aacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaag 418  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||    
T  6016 aacatttgcggaagagggtcttcagtttcccgacaaaattgctccatcatgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaag 6115  T
Q  419 cacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgt 518  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| || || || ||    
T  6116 cacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggt 6215  T
Q  519 gcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcga 618  Q
    ||||||||||  ||  ||||||||||||||| | | ||| ||| |||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| | ||||    
T  6216 gcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcga 6315  T
Q  619 ggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctg---cttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttcttt 715  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||  |||||   ||||| | |||  |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  6316 ggatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgt 6415  T
Q  716 ccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagtgttgatttgccttgcaatcttgc 808  Q
    ||||||||||||||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||| |||||  | | ||||||||| |||||| | ||| |||||||||    
T  6416 ccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgc 6508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 448 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 27294658 - 27294600
Alignment:
Q  448 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 506  Q
    ||||| |||||||||  |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27294658 ttgctgtcaaaaactttcttgactagagtggtttttccttgtcctcccattcctaccac 27294600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University